Her bir IPA bileşeni için ilgili aday ülke otoriteleri tarafından Operasyonel Program hazırlanır ve AB Komisyonu’na sunulur. Operasyonel Programlar, Çok Yıllı Planlama Belgesi’ndeki amaç ve önceliklere ulaşmak için yapılacak faaliyetleri ve uygun önlemleri tanımlar ve gösterir. Operasyonel Programlar, ilgili oldukları alan, sektör ve bölgelerle ilgili SWOT analizlerini de içerir. Bu çerçevede ülkemizde; 1- Sanayi ve Ticaret Bakanlığı, Bölgesel Rekabetedebilirlik Operasyonel Programını;
2- Çalışma ve SosyalGüvenlik Bakanlığı, İnsan Kaynaklarının Geliştirilmesi Operasyonel Programını;
3- Çevre ve OrmanBakanlığı, Çevre Operasyonel Programını;
4- Ulaştırma Bakanlığı, Ulaştırma Operasyonel Programını hazırlamıştır.
